万科反收购的原因主要有以下几点：

1. 公司治理问题：万科反收购的背后，涉及到公司治理问题。收购方深圳地铁与万科股东之间存在一系列关联交易，引发了股东的担忧和质疑。股东担心这些关联交易可能损害了万科的利益，以及深圳地铁在收购后可能会改变万科的战略方向。因此，股东反对收购以保护自身权益。

2. 价值认同问题：万科是中国zuida的房地产开发商之一，一直以来注重品质和价值观。而深圳地铁作为一个交通基础设施运营商，与万科在业务性质和文化上存在较大差异。股东担心收购后可能会对万科的企业文化和品牌形象产生负面影响，因此反对收购。

3. 资金压力问题：万科是一家资金密集型企业，需要大量资金来进行房地产项目的开发和运营。深圳地铁以基础设施建设为主，其资金运作方式与万科存在较大差异。股东担心深圳地铁收购后可能无法提供足够的资金支持，导致万科的业务受到限制和影响。

4. 不确定性风险问题：万科股东担心收购后可能面临一系列不确定性风险，包括市场环境变化、政策调整等。这些风险可能会对万科的经营和发展产生负面影响，从而导致股东的投资价值受损。

总而言之，万科反收购的主要原因是股东对于收购方深圳地铁的关联交易、企业文化差异、资金压力以及不确定性风险等问题产生了担忧和质疑。股东希望保护自身权益，维护万科的品牌形象和企业文化，并确保公司能够继续稳定发展。